肛瘘有血流出可以采用手术治疗，治愈肛瘘就不会流血。
平时肛瘘流血可以进行保守治疗，外敷红霉素软膏，用1：5000高锰酸钾进行肛门熏洗坐浴，炎症消退肛瘘外口可以不会有血流出。但这只是暂时，肛瘘再次出现感染外口还会流脓或流血，只有手术治疗才能根治肛瘘。
肛瘘外口会有脓液、血性液和米泔样液流出，急性感染期外口会流出脓液，脓液较多、脓稠味臭，脓液减少时外口有时会流出血性液。结核性肛瘘脓液多而清稀，色淡黄呈米泔样，还可有干酪样坏死物。