扁桃体囊肿在不大的情况下可以暂时观察，但如果囊肿过大需要进行手术。
因为扁桃体囊肿是扁桃体切除的适应证，会导致咽喉部存在异物感，囊肿较大时会影响共鸣，使患者出现发声改变。而且扁桃体囊肿发炎时，更会导致扁桃体肿大，使扁桃体和囊肿发炎从而形成脓肿，过后还会引发间隙感染。特别是反复发作的患者，更有发生感染的可能。
所以，当患者扁桃体囊肿过大时，建议进行等离子消融术、扁桃体切除术或囊肿摘除术，在术后需要流质饮食，避免出血。