根据个体的不同体质，肝脓肿的手术方法不同，治愈时间也不同。
肝脓肿的外科治疗包括：超声引导下脓肿穿刺引流、腹腔镜脓肿窗引流、开腹脓肿切开引流、慢性肝脓肿部分叶切除术等。在超声引导下，患者休息一周后能迅速恢复，但脓肿切开引流或肝切除术后创伤较大。治疗后，患者需要休息一个月甚至更长时间才能恢复正常生活和工作。
目前，随着医疗技术的发展，外科手术向微创手术发展，开放手术的数量明显减少。术后仍需抗感染等综合治疗，4-6周及以上仍需抗感染治疗。