指甲根部化脓可以根据患者的轻重程度，选择不同的治疗方法。
化脓不太明显，只有局部红肿、疼痛，可以给予抗生素类的软膏，比如红霉素、夫西地酸乳膏外用涂抹，能起到抗感染的作用，可以促进肿胀消退。如果局部红肿、疼痛比较明显，还需配合口服抗感染的药物，比如红霉素、头孢、左氧氟沙星，可以促进炎症吸收。
指甲根部化脓比较严重，用手触摸时局部的皮温升高，局部积液、积脓较多，需要及时到医院皮肤科，通过手术切开引流。术后配合抗感染的药物静脉给药，防止继发性感染。