指甲根部发黑很有可能是由真菌感染，最终出现甲癣。如果仅是单个的指甲不发黑，可外用一些抗真菌的药物，如冰醋酸溶液等，需要至少涂抹2~3个月时间。如症状持续不能缓解，或口服以及外用药物效果不理想时，可以考虑拔甲治疗。
此类疾病有传染性，发现疾病之后尽量和家人分开洗漱防止传染。有部分患者是由于外伤引起指甲根部淤血，也会出现发黑等情况。
如不严重没有化脓可以考虑局部进行消毒处理，自然会慢慢消失。如出现化脓，甚至于出现局部的胀痛时，还是建议及时拔甲，以防诱发外伤性骨髓炎。