细菌性肝脓肿的患者可以在医生的指导下，服用抗菌的药物来进行治疗，以及进行对症处理。特别是体温升高的，要合理的使用退热药物以及物理降温的措施等。
如果肝功能出现异常的，也要进行护肝的治疗。如果以上的保守措施治疗效果不好的，或者脓肿超过三厘米的，这样的病例应该进行细菌性肝脓肿的穿刺引流手术。
通过这样可以起到彻底的治愈的效果，并且定期给患者进行复查，特别是肝脏的彩超，血常规等。患者在饮食上也要注意，不要暴饮暴食。