不同病因所引起的睾丸萎缩，治疗方式也不一样。如果是感染因素所导致的睾丸萎缩，比如睾丸炎或者是附睾炎，在确诊以后主要是使用头孢地尼、左氧氟沙星等药物进行针对性的治疗。
如果存在腮腺炎病毒感染，还应当使用利巴韦林进行治疗。如果是由于体内雌激素缺乏所导致的睾丸萎缩，可以使用甲基睾丸素、丙酸睾丸素等药物进行治疗。
如果存在睾丸扭转的情况，应及时的去医院进行手法复位或者手术复位，避免出现缺血性的睾丸坏死。如果存在睾丸癌，应及时进行手术切除。