想要治疗睾丸萎缩，促使其恢复，首先需要明确是什么原因导致的睾丸萎缩，针对病因治疗，才有可能使已经发生萎缩的睾丸组织得到恢复。而且需要早发现、早治疗，越早治疗睾丸萎缩恢复的可能性越大。严重的睾丸炎症可导致睾丸肿胀引起睾丸萎缩时，要积极予以抗感染、消肿治疗，从而避免睾丸萎缩进一步加重，使已萎缩的组织尽可能恢复。
睾丸鞘膜积液可压迫睾丸，隐睾等疾病都可能会导致睾丸萎缩，此时就需要尽早行睾丸鞘膜翻转手术和隐睾下降固定手术治疗。有些睾丸萎缩与体内的激素水平有关，如雄激素水平明显降低，就需要口服十一酸睾酮等药物来补充雄激素；同时，要完善相关明确激素水平降低的原因，针对病因治疗。
如为睾丸恶性肿瘤导致的睾丸萎缩，通常是不可逆的，需要限期行手术切除治疗，避免病情进展，影响患者生存期。