睾丸萎缩的常见原因是精索静脉曲张影响睾丸供血而导致外观体积缩小。
腮腺炎病毒侵袭睾丸，破坏睾丸组织，导致睾丸体积缩小呈现为萎缩状态。外力损伤也可导致睾丸萎缩，由于损伤影响睾丸的血供，组织缺血缺氧导致睾丸萎缩。
长期接触砷剂等有毒有害物质，或是自我盲目服用对抗雄激素的性激素药物，也可导致睾丸萎缩。一般需要结合睾丸彩超、造影、组织穿刺等相关检查，明确睾丸萎缩的疾病诱因，尽早解除不良因素刺激，可最大限度恢复睾丸功能。