睾丸萎缩需要查明引起萎缩的病因，再采取对症的治疗方案。
睾丸萎缩是由多方面的因素导致的，如明确睾丸炎引起的肿胀，睾丸被破坏，局部的组织发生了萎缩，这种情况即使治疗也无法治愈。明确是内分泌的因素导致的睾丸萎缩，例如男性的激素水平异常、泌乳素水平偏高，睾丸没有足够的激素支持引起萎缩，可用激素治疗。
如果是因为睾丸肿瘤、精索静脉曲张引起的睾丸萎缩，需要做手术治疗。如果只是睾丸局部轻度萎缩，功能没有发生异常，也可以不用特殊治疗，定期复查即可。