部分病毒性结膜炎是可能会复发的。部分病毒性结膜炎发病且治愈以后，患者体内可产生抗体，基本上不会被传染，也不会有复发的情况出现。也有部分病毒性结膜炎患者，治疗时未彻底，病毒可潜藏于体内，未发作。
若患者自身免疫力低下，或者出现感冒或其他全身性基础疾病发作时，则可能会诱发病毒性结膜炎再次发作。例如疱疹性病毒性结膜炎，可能会有复发的情况出现。
患者应日常生活中注意适当地锻炼，规律作息，保护性用眼，以提高自身免疫力。