病毒性结膜炎和细菌性结膜炎是有很大区别。
首先致病菌就不一样，病毒性结膜炎是属于病毒感染，细菌性结膜炎是因为细菌感染导致的，临床表现也是不一样的。病毒性结膜炎眼红比较明显，分泌物常呈水样或浆液性。细菌性结膜炎的分泌物多为黄色，早晨起床的时候会发现明显增多，可成块状。
两者的治疗也是不一样的，病毒性结膜炎主要是抗病毒滴眼液为主。细菌性结膜炎主要是局部利用消炎滴眼液为主。病毒性的结膜炎的治疗时间也比细菌性结膜炎要长。