病毒性结膜炎和细菌性结膜炎的不同，主要在于局部的临床表现和病原菌不同。
一般细菌性的结膜炎，大多是由于细菌侵犯结膜组织导致，主要的临床表现包括有眼红、异物感明显，以及结膜囊大量脓白性的分泌物。
而病毒性的结膜炎大多是由于病毒侵犯结膜导致的炎症，而主要的临床除了结膜炎都会出现的眼红、异物感明显的症状外，还会出现水样的分泌物，且大多会有上呼吸道感染的前驱症状以及耳前淋巴结肿大的表现。此外，如果病毒性结膜炎没有及时控制，大多会并发出现角膜炎。