病毒性和细菌性结膜炎，二者的临床表现类似都可以出现明显的眼红、异物感、灼热感、畏光、流泪、结膜囊、分泌物等症状。
二者可以通过结膜囊分泌物来进行鉴别，一般病毒感染引起的急性结膜炎，其分泌物为粘性或粘液性。
细菌感染导致了急性结膜炎及分泌物为粘性或粘液脓性，基于眼部症状表现为结膜急性充血，可伴有乳头或滤泡增生，也可出现结膜下出血，甚至可在睑结膜形成伪膜等，若根据临床症状难以鉴别，可以取结膜囊分泌物进行涂片检查。