对于有机磷中毒，在通常情况下会有一定的后遗症。首先最重要的而且最常见的后遗症，是中间肌无力综合症。这种情况下是因为洗胃没有彻底，或者有机磷继续缓慢地在体内吸收，清除毒素不彻底而导致的患者出现的上述综合症。
在整个过程中，患者的呼吸功能会逐渐地丧失。因此中间期的肌无力综合征，是相对最为严重的后遗症。患者还会同时合并双下肢的突然乏力，双手的感觉运动功能障碍等情况。另外有机磷中毒最严重的后遗症是逐渐加重的呼吸困难，影响抑制呼吸中枢。
有机磷中毒还有肝肾功能不全的后遗症，在有机磷清除不彻底和解毒药物应用不完全的情况下，会造成慢性肝肾功能不全。