出现的有机磷农药中毒患者，急性期会出现多种并发症，如酸中毒、低钾血症、严重心律失常、脑水肿、呼吸麻痹和不可逆的呼吸循环衰竭。
还可能出现中间综合症，这个常发生在急性有机磷中毒胆碱能危象消失后，约在中毒症状缓解后1~4天出现由突触后神经肌肉接头功能障碍引起四肢近端肌、III至X对颅神经支配的肌肉和呼吸麻痹的一组综合症，还可能会出现消化道损伤、神经系统损伤。
有部分患者治疗后在后期可能产生一些后遗症，比如常见的迟发性神经损害，一般迟发性神经损害主要表现为焦虑、头昏头痛、浑身乏力，四肢酸痛等，可以发生于患者治疗好数周后出现。