混合型肾小管性酸中毒（混合型RTA）是Ⅰ、Ⅱ型RTA并存，兼有Ⅰ、Ⅱ型RTA的临床表现及临床特征，故发病原因也兼有Ⅰ、Ⅱ型RTA的特征。
主要是有6种原因引起的为主：1.原发性疾病，散发的和遗传的。、
2.继发性疾病，骨质石化症、神经性耳聋、碳酸酐酶B缺乏或功能减低、丙酮酸羟化酶缺乏、遗传性果糖耐量下降、胱氨酸沉积症、Lowe综合征、Wilson病等。
3.药物和中毒，两性霉素B、甲苯、重金属（比如说:铅、镉、汞、铜、锂）、碳酸酐酶抑制剂、服用过期四环素。
4.钙代谢异常，原发性钙沉积肾病、特发性高钙血症、维生素D过量或中毒、甲状腺功能亢进、甲状旁腺功能亢进。
5.全身免疫性疾病和高丙种球蛋白疾病，特发性高丙种球蛋白血症、多发性骨髓瘤、系统性红斑狼疮、舍格伦综合征、甲状腺炎、肝硬化、原发性胆管硬化、慢性活动性肝炎。
6.间质性肾疾病，梗阻性肾病、肾移植排斥反应、镰状细胞血红蛋白病、海绵肾、止痛剂肾病等等。