肛瘘对人体的危害主要有以下几个方面：
第一，肛瘘会导致反复的肿痛以及流脓，反复的感染会引发患者出现发热等全身症状，而反复的流脓会造成肛门周围潮湿，会引起肛周骚痒、肛周皮肤感染等。
第二，肛瘘不经手术并无法自愈，所以长时间的患病会加重患者的心理负担，导致患者出现精神萎靡、抑郁、消瘦、营养不良等等。
第三，对于一些病史很长的肛瘘患者，由于瘘管以及外口处反复受炎症的刺激，有可能会导致局部组织变性，甚至恶变。