肛瘘一旦形成，其自愈的机会非常少。它主要有以下几个方面的危害，
第一、容易引起一些分泌物，肛门周围会分泌一些东西。比如脓水，引起肛门周围的潮湿，引起污染裤子，就是内裤污染；另外可以引起皮炎、湿疹。
第二、肛瘘形成之后可以在肛门周围形成一个肿块或者条索状物，这个肿块或条索状物，实际就是肛瘘的瘘管。肿块时间长之后，可能会引起患者疼痛。
第三、肛瘘时间长了以后可以向周围蔓延和肛管深入，蔓延形成多发性的、复杂性肛瘘。
第四、肛瘘时间长了之后，可以引起肛管的直肠瘘、肛管的阴道瘘，甚至引起膀胱瘘
第五、因为肛瘘是一种炎症，反复刺激。久而久之可能会发生癌变。