肾结石大于0.6厘米，小于2厘米，可采用体外冲击波碎石，对于大于2.0厘米的结石，若单用体外冲击波碎石治疗，建议于体外冲击波碎石前插入双J管，以防止石街形成阻塞输尿管。
需要注意的是，孕妇、不能纠正的出血性疾病、结石以下尿路有梗阻，严重肥胖或骨骼畸形、心力衰竭、严重心律失常和泌尿系活动性结核等，禁用体外冲击波碎石。推荐体外冲击波碎石治疗次数小于5次。
对于大于2厘米结石或鹿角形结石，有症状的肾盏或憩室内结石、体外冲击波难以粉碎及治疗失败的结石，可采用经皮肾镜取石术、输尿管镜取石术，可取得良好效果。
对于少数复杂的肾结石患者，需要开放性手术取石，包括单纯性肾盂或肾窦内肾盂切开取石术、肾㿻肾实质联合切开取石术、无萎缩性肾实质切开取石术、肾脏部分切除术和全切除术等。