消化不良可以吃益生菌这种药物来改善症状。益生菌主要是肠道内的有益细菌，可以调节肠道菌群功能，可以用于肠道菌群功能失调引起的消化不良等症状的改善。
在服用益生菌类药物时，需要避免与抗生素类药物或者是蒙脱石散类药物合用，否则有可能会导致消化不良症状的加重，也会导致患者腹胀、腹痛症状的加重。
部分患者有可能还需要使用抑制胃酸分泌的药物，以及促进胃肠道蠕动的药物来改善症状，极少部分的患者有可能需要进行心理行为治疗，需要使用抗抑郁药物。