原发性肝癌的临床表现主要是当肿瘤发展至中晚期时，会表现出肝区持续性疼痛，疼痛的性质有可能为隐痛、刺痛或者胀痛，部位多在右上腹或中上腹部。有时肿瘤生长过快时，有可能会使肝脏包膜张力增加而引起疼痛，疼痛也可能会向肩部或者腰背部放射。
如果腹部疼痛突然剧烈加重，则有可能肿瘤发生破裂。还有可能会出现一些消化道及全身症状，比如腹胀、恶心、食欲减退、厌油等症状，但这些症状容易被忽视而造成病情延误。
肝癌也可能会引起一些癌旁表现，如低血糖、高血钙等。