原发性肝癌核磁共振的表现在T1像会呈现不均匀的低信号，在T2像会呈现不均匀的高信号，在DWI表现为一个高信号。
如果在做增强扫描时，动脉器会呈现不均匀的明显强化，可以显示出迂曲的动脉，液化坏死区通常不强化，门静脉区强化幅度会降低，通常表现为速升、速降型，病灶的边界会很清楚。
核磁共振除了可以明确原发性肝癌影像学的表现，还可以显示出癌种侵犯的周围组织、大小以及范围，是确诊原发性肝癌非常常见的检查。