小儿回肠畸形包括先天性肠闭锁主要引发肠梗阻的症状及腹胀、呕吐、无法进食以及无法排便的。其次，回肠重复畸形，畸形肠管与主肠管不相通，可以形成腹部包块，对腹部造成压迫。导致患儿出现腹部不适、疼痛等症状。还有，就是多表现为便血症状，可伴有腹部疼痛，小儿回肠畸形可引起不同的临床表现，如果患儿出现以上症状，应及时到医院就诊。其次，还有并发症溃疡，早期浅小溃疡，后成纵行或横行的溃疡。深入肠壁的纵行溃疡即形成较为典型的裂沟，沿肠系膜分布，肠壁可有脓肿。
卵石状结节，由于粘膜下层水肿和细胞浸润形成的小岛突起，加上溃疡愈合后纤维化和瘢痕的收缩，使黏膜表面似卵石状。还有就是肉芽肿。有别于结核病，肠内肉芽肿系严重刺激的反应，并非克罗恩病独有，且20%到30%病例并无肉芽肿形成，故不宜称为肉芽肿性肠炎。它还很可能形成脓肿，肠壁的裂沟实质上是贯穿性溃疡，使肠管与肠管、肠管与脏器或组织之间发生粘连和脓肿。如病变穿透肠壁，经腹壁和肛门周围组织而通向体外。最后肠外型囊肿逐渐增大时压迫肠道形成梗阻，还可因重力作用诱发肠扭转，导致剧烈的腹部疼痛、呕吐、停止排便排气，甚至出现血水样变、发热、脉细、休克等中毒的症状。这些都是回肠畸形容易引起的并发症。