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先天性巨结肠有手术相关的并发症和术后远期的并发症。手术相关的并发症:手术当中容易造成出血。吻合口回缩。术后吻合口在肛门，细菌较多，易发生感染。一旦感染，会导致吻合口回缩。腹腔感染。细菌通过吻合口反流到腹腔，造成腹腔腹膜。 远期的并发症：便秘。容易导致便秘或便秘复发。肛门失禁。第三，肠炎。患者会出现腹泻甚至有脱水的表现。
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