对阿米巴结肠炎，粪便检查是重要的诊断依据。在病人的新鲜粪便中，特别是血粘液中，仔细寻找阿米巴。一旦找到吞噬红细胞的活跃溶酶体阿米巴滋养体，就可以做出诊断。
如果一次没有发现，就要反复检查，争取细菌和阿米巴培养。镜检时应注意保温，否则阿米巴滋养体不活跃，不易与巨噬细胞区分。
乙状结肠镜检查也有助于诊断，特别是鉴别诊断。急性期可见烧瓶样的溃疡，粘膜正常。慢性期可见肠黏膜增生肥大、肉芽肿、息肉等，可从病变处取出活组织送病理检查，进一步确定其性质。