肛瘘是由于肛周脓肿破溃或者行手术切开引流所导致的后遗症。导致肛瘘的原因有以下几个：
1.直肠肛门损伤，包括外伤、吞咽骨头，肛门镜检查等。损伤肛管直肠，细菌侵入伤口即可引起。
2.肛裂反复发作感染也会形成皮下瘘，也属于肛瘘的一种。
3.会阴部的手术，也有可能导致直肠引起脓肿以及肛瘘。
4.特殊的感染，比如结核，结核引起肠道炎症时会导致肛门周围瘘管的形成。
5.炎症性肠病包括溃疡性结肠炎、克罗恩病等，都有可能伴发肛瘘形成。