引起慢性结肠炎的病因比较多，考虑和遗传因素、个人体质、感染因素以及饮食因素等各方面有关。如果直系亲属中存在慢性结肠炎患者，后代出现慢性结肠炎的几率会有所增加。
感染性因素是导致慢性结肠炎的主要病因，多考虑是由于患者饮食不卫生、免疫力下降时引起了急性结肠炎。由于炎症和人体的免疫力形成了一种相对平衡的状态，导致炎症长期存在而出现了慢性炎症表现。
慢性结肠炎按照中医来说多属于脾虚引起的脾失运化的症状，所以多建议选择具有补脾作用的中药及中成药，配合益生菌进行调理效果会比较好。