耳根疼痛的原因有这几种：
1.可能是神经性疼痛，多见于工作、学习压力过大的人群，也有可能是因为精神高度紧张、经常失眠导致的症状。
2.有可能是皮脂腺囊肿，多见于年轻人。因为皮脂腺分泌旺盛，容易在局部，例如耳根处形成皮脂腺囊肿。当皮脂腺囊肿发生感染时，就会有明显的疼痛感。
3.可能是因为炎症引起的。有可能是耳部本身炎症，例如外耳道炎、中耳炎等。也有可能是因为其他感染性疾病引起的耳部炎症，例如急性咽喉炎、会厌炎等，炎症蔓延导致耳部感染，引起明显的耳根疼痛。