耳根疼痛的原因较多，例如近期食用容易上火的食物后，造成咽喉炎急性发作。或者是患者的牙龈有肿痛的现象，也容易累及耳根部的淋巴结使其发炎，从而出现疼痛的症状。
另外，耳道内的炎症也容易引起耳根疼的情况。例如有些患者经常挖耳朵，这样就容易造成急性外耳道炎，或者是有些患者感冒以后引起急性中耳炎，这些都有可能诱发耳根疼痛的症状。
还有一些患者经常吃一些坚硬的食物，例如嗑瓜子、吃坚果等，或者是嚼口香糖过多，就容易导致颞下颌关节炎，使患者出现耳根疼痛的现象。