膝关节结核要根据其病史、症状体征，以及辅助检查的特点来进行排除。
膝关节结核的患者一般会有活动期的肺结核，在膝关节局部常常会出现慢性进展的，逐渐出现的加重性的膝关节肿胀和疼痛。局部的皮温可能并不会明显地升高，一般也不会表现为明显的静脉怒张的症状。但是，常常会伴有乏力、盗汗、体重下降、低热等症状。
在进行影像学检查的时候，如果没有出现骨质的破坏，没有出现死骨，也没有出现明显的软组织脓肿，常常可以除外膝关节结核。同时，也可以经过局部病理组织的穿刺活检，进行病理检查以及细菌培养。如果没有发现结核菌的生长，同时病理的检查结果也不符合结核性脓汁的特点，常常可以排除膝关节结核的存在。
也可以进行相应的结核菌素试验，来提供有效的依据。但是，也要根据病情的变化，定期进行复查。