结肠镜损伤直肠的原因一般就几种情况：
1.操作结肠镜的医生对于结肠镜的操作不熟练，在检查过程中没有看清肠腔走向的情况下，盲目进镜擦伤肠黏膜，严重的可能会引起肠破裂。
2.患者的肠腔比较狭窄，为了能够看清病变的情况，变换不同的角度导致的肠黏膜损伤。
3.普通肠镜检查时患者由于不配合导致的损伤。
不管是什么原因导致的损伤，对于黏膜层的损伤修复比较快。损伤较重至肠壁的情况就比较严重，可能会引起出血、穿孔甚至破裂导致外科手术治疗。
为了避免上述情况的发生，要求医生要提高操作水平，做到细心、耐心，检查时要取得患者的配合，尽量选择无痛肠镜检查减轻患者的痛苦。