做肠镜的时候导致结肠穿孔称为结肠破裂，临床上主要表现为腹痛、腹胀及细菌性腹膜炎。因结肠内容物液体成分少而细菌含量多，故腹膜炎出现得较晚，但较严重。一部分结肠位于腹膜后，受伤后容易漏诊，常常导致严重的腹膜后感染。临床表现有腹痛、腹胀、发热，患者腹肌紧张、全腹压痛、反跳痛、移动性浊音阳性、肠鸣音减弱或消失。
全身情况良好的患者、右半结肠损伤的患者，可以考虑一期修补或一期切除吻合。大部分患者均需先采用结肠造口术或肠外置术处理之，待3～4月后患者情况好转时，再行关闭瘘口。一般情况结肠镜诊疗所致的结直肠损伤能治愈。