肛瘘手术过程中不采取全麻，在临床上最常用的是半身麻醉，包括腰麻、骶麻或者连续硬膜外麻醉。因为全麻相对风险偏高，而且费用也要高得多。
而半身麻醉患者仅麻醉下半身，麻醉效果非常好，麻醉风险相对偏低，术后的并发症也相对偏少。但由于其麻醉位置是位于腰部椎管内，所以在麻醉的过程中有可能会有轻微的疼痛感觉。
当然，如果某些患者腰椎有手术史或者外伤史的，就不适合做椎管内麻醉，可以考虑在全麻下行肛瘘手术。