睡醒了肩膀疼的情况可以因为在睡觉之前，有拉伤或者扭伤造成了肌肉撕裂，在睡觉的时候炎症物质持续渗出，刺激神经，在睡醒以后会感觉明显疼痛，可能有活动的受限。
同时一些慢性的劳损在急性发作以后，也会出现这种睡醒了的肩膀痛。比如本身有肩周炎、肩袖的损伤、局部有韧带，或者关节的钙化、粘连，在睡觉时受到的寒冷、疲劳的刺激，会产生急剧加重，会有睡醒以后肩膀疼痛的情况。
颈椎病髓核突出刺激到神经根产生的放射痛，心肺胆囊疾病引起的放射痛，也会引起肩膀疼痛，在睡醒了以后感觉比较明显。同时也要注意局部肩膀疼痛的同时有没有肿胀、红热，排除一些细菌或者其他炎症侵袭的情况，检查清楚，对症治疗。