脑干出血的处理方法与出血量有很大的关系。
如果脑干出血量较小，比如小于5ml时，大多是进行保守治疗，可以使用甘露醇、甘油果糖等药物，降低颅内压，控制脑水肿，避免出现脑疝，并且要严密监测患者的血压变化。如果血压过高，应当使用降低血压的药物进行控制，预防再出血。
如果脑干出血引起了脑积水，可以通过脑室外引流手术降低颅内压。如果颅内压持续增高，有形成脑疝的风险，还应当进行开颅手术，通过手术去除血肿。在术后也要严密监视患者的生命体征变化，避免出现异常情况。