脑干损伤和脑干出血的区别，在于病变范围性质不同、治疗亦不相同，具体的区别如下：
第一，脑干损伤不仅包括脑干出血，还包括脑干栓塞、脑干脓肿，以及脑干肿瘤等，脑干出血仅仅是脑干损伤的某一部分。
第二，治疗上两者之间亦有很大差别，脑干出血主要给予脱水、利尿、止血、营养神经为主，若脑干出血量较大时可以考虑手术治疗。而脑干梗塞则以溶栓、取栓、改善微循环治疗为主，脑干的脓肿以抗感染治疗，脑干的肿瘤则以手术或放化疗治疗为原则。