化脓性指头炎在应用抗生素时，需要取脓液进行细菌培养和药物敏感试验，来选择敏感的抗生素。
在细菌培养结果出来之前可以选用广谱的抗生素，如青霉素进行治疗，因为化脓性指头炎，常见的致病菌大多数为金黄色葡萄球菌、溶血性链球菌、绿脓杆菌、大肠埃希菌等。
在药敏试验结果出来之后，一定要选择针对性的抗生素来治疗。当抗生素不能够将症状压下去时需要考虑进行手术。化脓性指头炎的手术方案相对也比较简单，而且预后大多非常好。