化脓性甲沟炎与化脓性指头炎的主要区别在于发病的原因、临床症状和治疗手段上。
从发病原因角度考虑，化脓性甲沟炎是因为指甲在生长过程中形态异常，插进了肉里，从而引发细菌感染。而化脓性指头炎，则有可能是指从内部出现了一些细菌感染，而引发的典型的化脓性改变，与指甲的刺激没有关系。
而从临床症状角度考虑，化脓性甲沟炎会在指甲与皮肤接触的部位，出现明显的红肿和疼痛，单侧出现比较多。而化脓性指头炎，则是整个手指头出现红肿、疼痛，会伴随着灼热。
在治疗方面，化脓性甲沟炎建议拔掉指甲，然后使用抗生素。而化脓性指头炎，则建议切开局部皮肤，排出脓液，再选择抗生素。