先天性肥厚性幽门狭窄的用药，主要是根据患者的疾病临床表现，使用对症处理的药物来缓解症状。
如果有出现低钠、低钾、低氯血症时，需要给患者补充钾离子、钠离子、氯离子，也需要给患者使用口服补液盐缓解症状。同时考虑到该疾病，有可能是幽门痉挛所引起的狭窄，因此还可能需要给患者使用解痉的药物，可以给患者服用阿托品溶液等药物。
如果通过内科治疗患者的症状没有改善，并且严重影响患儿的生长发育时，需要及时的手术治疗，具体的手术方式具体而定。