慢性脑膜炎的确诊，要做腰椎穿刺，进行脑脊液的化验检查，脑脊液中嗜酸性粒细胞增多或者淋巴细胞增多，有一定的提示意义。还要进行针对新型隐球菌的抗原检测，针对梅毒的性病相关的检测。要对脑脊液的样本进行微生物培养，如果能培养出细菌、结核杆菌或者真菌，就可以确诊。
头颅的磁共振或者CT检查，有助于评估慢性脑膜炎患者的情况，更有助于排除掉脑肿瘤、脑中风等其它的疾病。如果其它的检查都无法确诊，可以考虑做脑或脑膜的活检。
慢性脑膜炎的诊断比较困难，即使经过一系列复杂的检查，也往往难以确诊。要由正规医院专业的神经内科医生，综合各种资料来做出诊断。