慢性脑膜炎发病后主要通过核磁共振检查等明确诊断。需要注意，部分脑炎脑实质病变并不明显，通过核磁共振检查发生不了异常，建议在临床上根据病史、临床表现，结合其它检查项辅助诊断，例如血常规检查、病毒分离检查、脑脊液检查、脑活体检查、抗酸杆菌检查、脑电图检查等。
在临床上能引起慢性脑膜炎的病因，包括结核性脑膜炎、真菌性脑膜炎等。
在临床上，如果明确诊断为脑膜炎，应针对患者发病的病因采取积极的治疗，避免脑功能造成严重的损伤。