目前确切的病因仍然不是很清楚，但是可以分为先天性的异常，以及继发性的脊髓空洞症两种。
主要原因有：第一，先天性脊髓神经管闭锁不全，通常合并有脊柱裂、脊柱侧弯。
第二，脊髓血管循环异常，可以引起脊髓的缺血坏死、软化，形成空洞。
第三，机械因素，因为先天性的因素导致。
第四，脑室出口的梗阻，脑脊液从第四脑室流向蛛网膜下腔，受到堵塞，导致中央管扩大，冲破管壁，形成空洞。
其他因素，主要包括脊髓损伤、坏死性脊髓炎、放射性脊髓病等等。