阿米巴肠病的治疗主要是针对病因治疗，因此可以给患者使用甲硝咪唑、甲硝巯咪唑、氯化喹啉等药物，这些药物具有驱虫的作用，如果有出现轻度脱水，可以给患者服用口服补液盐。
如果是重度脱水并且严重影响患者的日常生活时，建议通过输液治疗的方式缓解，在服用驱虫药物时，需要注意观察药物的不良反应，因为有些药物可能会导致患者出现恶心、呕吐、腹痛、头痛、头晕的症状。
对于出现肠穿孔、腹膜炎、阑尾炎等并发症的患者，可能需要积极抗感染治疗，严重的可能需要手术治疗。