第一，在早期医生会根据发病时间以及基础疾病，尽可能恢复脑血液循环，脑栓塞后早期治疗非常重要，特别对发病后四五个小时以内的患者，医生根据患者条件，先用一种叫做溶栓的治疗方法。溶栓就是指在血栓形成初期，栓子比较软和疏松，这时可以通过药物溶解掉血栓使血管再通，超过4到5个小时甚至6个小时的患者就不适宜溶栓治疗。
第二，还要治疗基础疾病，比如控制血压、控制血糖、调节血脂等等，病情稳定后会进行物理及康复治疗，尽量提高肢体的肌力，减少残疾程度。
第三，由于心源性脑栓塞容易再发，建议脑栓塞患者在急性期应该卧床休息数周，减少再发的风险。