根据蛋白尿的发病原因可以分为肾小球性蛋白尿、肾小管性蛋白尿、溢出性蛋白尿和组织性蛋白尿。
其中肾小球性蛋白尿是由于肾小球滤过屏障异常而引起的蛋白尿，见于多种肾小球疾病，特点是肾病水平的蛋白尿较常见，成分以白蛋白等中大分子为主。
肾小管性蛋白尿是由于肾小管病变重吸收蛋白的能力下降，使得正常时从肾小球滤过的小分子蛋白，没能有效的被肾小管重吸收，从而出现的蛋白尿称为肾小管性蛋白尿，一般蛋白量小于2g/d。
溢出性蛋白尿是血液循环中存在大量的可以从肾小球自由滤过的小分子蛋白，超过肾小管的重吸收极限，从而出现的蛋白尿，多见于多发性骨髓瘤时的轻链尿、横纹肌溶解时的肌红蛋白尿、血管内溶血时的血红蛋白尿。
组织性蛋白尿见于肾盂肾炎、尿路肿瘤时，向尿液中分泌蛋白质而产生的蛋白尿。