引起小儿急性阑尾炎的病因，现在还不是十分明确。它是多方面的因素。主要为阑尾腔梗阻、细菌感染、血流障碍以及神经反射等因素相互作用、相互影响的结果。它的发病原因较为复杂，目前只了解与一些因素有关。
具体的病因有以下几点，首先是细菌感染，细菌经过损伤的粘膜以及血循环达到阑尾，引起急性炎症。比如上呼吸道感染、咽峡炎、扁桃体炎等。小儿上呼吸道感染、扁桃腺炎等使阑尾壁反应性肥厚、血流受阻，也会成为阑尾炎的诱因。
第二个原因是阑尾腔的梗阻。粪石、异物包括果核、蛔虫，阑尾扭曲、管腔瘢痕狭窄等阑尾腔梗阻，使分泌物滞留导致腔内的压力增高。阑尾壁血管循环障碍。有利于细菌侵入，细菌繁殖，这也是引发急性阑尾炎的较常见原因。阑尾腔如果长时间被阻塞，就会引起阑尾本身的血液循环障碍，导致组织缺血，从而引发阑尾坏死。
第三个原因是神经反射，如受凉、腹泻、胃肠道功能紊乱等原因会引起肠道内细菌侵入阑尾，引起阑尾发炎。胃肠道功能发生障碍时，常常伴有阑尾血管和肌肉反射痉挛，使阑尾腔发生梗阻以及血液障碍引起炎症。