病毒性食管炎可以给患者使用广谱的抗病毒药物，比如无环鸟苷、更昔洛韦。
如果同时有白色酿酒菌感染，还需要给患者使用酮康唑等药物缓解症状，对于带状疱疹病毒所引起的食管炎有明显的疗效。如果是巨细胞病毒感染，不建议使用该药物。
通过保守治疗症状没有改善时，有可能需要给患者做手术治疗，可以使用射频治疗食管和胃的结合处，也可以做食管缝合手术。同时，也需要加强营养，避免辛辣刺激食物的摄入，需要适当进食流质或者半流质食物。