肛门瘘管如果要想彻底治愈，必须要进行手术治疗，肛瘘大多是发生在肛门直肠脓肿破溃或切开引流后所形成的，药物保守治疗只能缓解症状，但是不能彻底治愈，手术是唯一可以治愈肛瘘的方法。
肛瘘主要由内口、瘘管、外口组成，手术时必须要找到内口，将内口、瘘管切开或者切除，形成开放性的创面，单纯性的肛瘘手术较为简单，创伤面小，术后愈合较快。
复杂性的高位肛瘘，手术较为复杂，要减少肛周的损伤，防止肛门失禁，还要注意术后伤口，定期换药，避免肛瘘复发。