患了肛瘘后尽量及早手术治疗，因肛瘘内口在肛内，经常反复的发生感染，感染导致大量的脓液及坏死的脱落组织，甚至是粪便沿着瘘管流到外口处，经外口流出，就会刺激肛周皮肤，使患者感觉肛门处瘙痒不适，严重的形成肛周湿疹及肛门瘙痒症。
如果肛瘘的感染加重了会形成肛周脓肿，患者出现肛门处疼痛难忍，甚至是伴有畏寒、发热的症状，而且长时间使用治疗肛瘘的药物会刺激肛瘘发生恶变，形成瘘管癌。所以，患了肛瘘后如果条件允许，应尽早手术治疗。